江南吴三桂等三藩拥兵自重，独霸一方。已成尾大不掉之势。而吴三桂妄图将云贵划立为他的藩镇王国以便世袭云南，一面暗地里大肆扩充军备，与清朝政府为休养生息而裁撤兵员削减军费开支的举措相对抗；另一方面假惺惺上表请求撤藩。康熙通过调查对吴三桂的作为早已是洞若观火，但终究年轻气盛，不听孝庄太后的苦劝，一语定乾坤，断然下旨撤藩。这一举措粉碎了吴三桂幻想以进为退的图谋，引发三藩之乱。由于清军主力入关后连年征战，清朝政府给了为清朝打拼天下而劳苦功高的八旗军不少特权以鼓励他们再接再厉，却不料养成了他们居功自傲贪婪奢侈的习惯，最终导致八旗军战斗力大幅度下降。而吴三桂所部均是百战余生，多年来一直在云南边关剿匪作战，官兵战斗力强，加之吴三桂准备充分打了朝延一个措手不及，清军屡被吴三桂叛军击败。明皇后裔朱三太子也乘机举起反清复明的大旗。康熙从察哈尔调兵救急，不料察哈尔王趁势造反，率兵逼宫。宫内太监造反，宫延大乱，康熙陷入绝境，五内俱焚，意欲退位。在孝庄太后的怒斥与激励下，康熙重振雄风，大胆起用以汉臣周培公为首的一批汉臣勇将授以重任。在周培公的指挥下，清朝军队用很短的时间就消灭了察哈尔的叛军，解除了朝廷的危机。同时吴三桂犯了致命错误，陈兵长江南岸却迟迟不敢渡过长江直逼京师，失去了战略上最有利的时机，使康熙的反击赢得了宝贵的时间。康熙调西北的勤王大军赶到江汉组成牢固的防线，迫使吴三桂停止进军。除周培公一路汉军在破察哈尔后挥师西南直逼叛军外，康熙又授安亲王岳乐为安远平寇大将军，授康亲王杰书为奉诏大将军，授裕亲王福全为辅国大将军，率兵转战各地。各路大军相互配合多路攻击，与吴三桂的叛军展开了殊死拼杀。康熙十七年、公元1678年，经过五年的艰苦努力，清军于湖南全歼吴三桂叛军主力，吴三桂死于衡阳。清军全线出击，三年后，清军攻入昆明，标志着康熙皇帝终于平定了三藩，取得了最后的胜利